در خلاصه داستان فیلم سلام علیکم حاج آقا چنین آمده است که طلبه جوانی به محض اینکه عمامه بر سر میگذارد، متوجه میشود بیناییاش را از دست میدهد. بنابراین تصمیم میگیرد برخلاف رسوم طلبگی به زندگی خود سروسامانی بدهد.
پس از سالها خبر میرسد که ایوب، مردی که گفته میشد در جنگ ایران و عراق کشته شده، زنده است. داوود، برادر ایوب، با رخشانه، همسر ایوب ازدواج کرده، پسر او را بزرگ کرده است. به علاوه، داوود از رخشانه صاحب یک دختر است. اکنون باید با شنیدن خبر زنده بودن برادر، داوود و رخشانه که چندین سال است در کنار هم زندگی میکنند، از جانب ریشسپیدان و بزرگان تحت فشار قرار میگیرند که از هم جدا شوند.
