مهندس رحمان توانا، كارمند عالی رتبه ی دولتی، در مأموریتی خارج از كشور، به یك دختر زیبای مسیحی دل می بندد. پس از ماجراهایی، سرانجام دختر به دین اسلام مشرف می شود و به همراه رحمان به ایران باز می گردد. اما بازگشتش آغازگر ماجراهایی تازه است.
در خلاصه داستان فیلم سیزده چنین آمده است که بمانی پسر ۱۳ ساله ای است در سن رشد، که پدر و مادرش در آستانه جدا شدن هستند. مادر خانه را ترک می کند و پدر غرق در کار است. بمانی به دلیل تنهایی و عقده هایی که برایش به وجود آمده به جوان های بزرگتر از خودش پناه می برد و این باعث تغییر و تحولی در وی می شود که هویت واقعی و اصلی او را تغییر می دهد. درست وقتی که این پسر باید به ثبات شخصیتی برسد با افرادی بُر می خورد و با آن ها وارد ماجراهایی می شود که باعث بروز اتفاقاتی در زندگی اش می شود.
